Die Endoskopie ist eine minimalinvasive und schnelle Untersuchungsmethode bestimmter Abschnitte des Atmungsapparates (Rhinoskopie, Bronchoskopie), des Verdauungsapparates (Gastro- Duodeno- und Rektoskopie) aber auch von Gelenken (Arthroskopie), des Abdomens (Laparoskopie) und des Thorax (Thorakoskopie).

Endoskopische Untersuchungen kommen in den Fällen zum Einsatz, in denen die anderen nicht invasiven bildgebenden Verfahren keine endgültige Diagnose ergeben haben oder weniger aussagekräftig sind.

Weitere Vorteile sind die Möglichkeit der Untersuchung von Geweben, Zubildungen und Flüssigkeiten sowie die minimalinvasive Gewinnung von Gewebeproben oder Spülflüssigkeiten ("Knopfloch-Technik")

In der Endoskopie kommen sowohl flexible – als auch starre Endoskope zum Einsatz. Die flexiblen Endoskope ermöglichen die Untersuchung des Magen – Darmtraktes sowie der Atmungsorgane.
Die starren Endoskope werden zum Beispiel bei der Untersuchung der Nasengänge verwandt. So ist es möglich auch kleinste, anatomische Hohlräume wie die Conchen der Nasengänge der Katze zu untersuchen. Die flexiblen Geräte beinhalten zusätzlich einen Arbeitskanal um Fremdkörper zu entfernen oder auch Gewebeproben zur weiterführenden Untersuchung entnehmen zu können. Gerade die Entfernung von Magenfremdkörpern hat sich in der Praxis bewährt. Es ist die schonendere Methode gegenüber der chirurgischen, welche die Eröffnung des Bachraumes bedeuten würde.